Inicialmente, la Fundación Chinguetti planteó una serie de objetivos enmarcados en cuatro fases:
- Primera fase: Estudiar las necesidades y viabilidad del proyecto. Sensibilizar y divulgar a la población española sobre la necesidad de llevar a cabo el proyecto. Puesta en marcha y realización del mismo.
- Segunda fase: Construir el hospital.
- Tercera fase: Dotarlo de la maquinaria, instrumental, material, medicinas y personal necesarios para su correcto funcionamiento.
- Cuarta fase: Dirigir, Gestionar, Mantener y Formar al personal mauritano, tanto en programas asistenciales específicos, como en la formación para la gestión y dirección del hospital.
Los objetivos de la primera, segunda y tercera fase, ya han sido alcanzados culminándose el 17 de abril de 2004, tras la inauguración del Hospital de Chinguetti y ahora nos encontramos desarrollando la cuarta fase. Los objetivos de esta Cuarta Fase se pueden dividir según el lugar desde el que se actúe:

- Asistencia médica a la población de Chinguetti y del Sahara Occidental. Especialmente atención y/o hospitalización a indigentes, pobres y grupos marginales que acudan al hospital.
- Formación del personal mauritano, tanto de la plantilla de nuestro hospital, como de médicos y enfermeros procedentes de los distintos hospitales de Mauritania, mediante campañas y programas formativos impartidos por especialistas enviados desde España, tales como: pediatras, ginecólogos, oftalmólogos, odontólogos, enfermeros, etc., con el fin de dotarles de los conocimientos necesarios para que una vez cedido el hospital, sean capaces por si mismos de gestionarlo, mantenerlo y dirigirlo.
- Mejorar la situación sanitaria existente en el municipio de Chinguetti mediante estudios epidemiológicos, salidas exteriores a zonas limítrofes, formación preventiva, mejora de los hábitos alimenticios e higiénicos, haciendo especial hincapié en la salud materno infantil.
- Alojamiento y comida a niños desnutridos de Chinguetti y Sahara Occidental, así como a indigentes, pobres y grupos marginados.
- Mantenimiento del hospital: de los recursos materiales y humanos.
- Gestión y dirección del hospital: manteniendo estrechas relaciones con las Autoridades Mauritanas, con la Alcaldía de Chinguetti, la Embajada de España en Mauritania, Cooperación Internacional y el Ministerio de Salud Mauritano.
- Conseguir mediante todas estas acciones y trabajo la preparación del personal y de las instituciones con objeto de traspasarles el hospital y entregárselo gratuitamente al Ministerio de Salud Mauritano y Alcaldía de Chinguetti.

- Gestión y dirección del hospital: realizada por la Junta de Patronos de la Fundación Chinguetti.
- Administración, gestión, coordinación y cumplimiento de las obligaciones desde la sede de la Fundación en España.
- Búsqueda, gestión y organización de todos los médicos, especialistas y voluntarios que se desplazan a trabajar a Chinguetti.
- Dar a conocer y divulgar a los demás la acción llevada a cabo por nuestra Fundación.
- Organización de actividades para recaudar fondos que ayuden a sufragar los gastos anuales previstos.